Επιστροφή σε έναν κόσμο με δύο πραγματικότητες. Η μία είναι η καθημερινότητα. Η άλλη κρύβεται πίσω της. Για να ανακαλύψει αν η δική του πραγματικότητα υφίσταται ή είναι ένα νοητικό κατασκεύασμα, για να γνωρίσει τον πραγματικό του εαυτό, ο κύριος Άντερσον (Κιανού Ριβς) πρέπει να ακολουθήσει ξανά τον λευκό λαγό. Και αν ο Τόμας ή ο Νίο έχει μάθει κάτι καλά, είναι ότι αυτή η επιλογή, ακόμα κι αν είναι ψευδαίσθηση, είναι ο μόνος τρόπος για να βγει ή να μπει στο Matrix. Φυσικά, ο Νίο ξέρει ήδη τι πρέπει να κάνει. Αυτό που δεν ξέρει ακόμα είναι ότι το Matrix έχει ισχυροποιηθεί και έχει γίνε πιο επικίνδυνο από ποτέ. Όλα αυτά του θυμίζουν κάτι. Deja vu.